Deux espèces végétales d’intérêt communautaire ont été identifiées sur le site des étangs du canal d'Ille-et-Rance :
- Le Fluteau nageant (Luronium natans), observé en de nombreux points du site : sur la rigole du Boulet, les marais de Vaux et sur les étangs de Bazouges, Bézardière, Hédé et l’étang du Boulet, etc.
- Le Coléanthe délicat (Coleanthus subtilis), observé sur les étangs de Bazouges et de Hédé et historiquement sur l'étang de la Bézardière
Parmi les espèces végétales patrimoniales du site :
- Potentille des marais (Comarum palustre)
- Hottonie des marais (Hottonia palustris)
- Canche flexueuse (Avenella flexuosa)
- Pillulaire à globule (Pilularia globulifera)
- Epipactis à larges feuilles (Epipactis helleborine)
- Osmonde royale (Osmunda regalis)
- Limoselle aquatique (Limosella aquatica)
- Élatine à six étamines (Elatine hexandra)
- Souchet brun (Cyperus fuscus)
- Littorelle à une fleur (Littorella uniflora)
- Grande Naïade (Najas marina)
- Naïade mineure (Najas minor)
- Sélin à feuilles de carvi (Selinum carvifolia)
- Narthécie ossifrage (Narthecium ossifragum)
- Drosera à feuille rondes (Drosera rotondifolia)
- Drosera intermédiaire (Drosera intermedia)
- Jonc fleuri (Butomus umbellatus)
- Rhynchospore blanc (Rhynchospora alba)
- Vulpin roux (Alopecurus aequalis)
- Canche faux agrostis (Antinoria agrostidea)
- Laîche blonde (Carex hostiana)
- Scirpe à inflorescence ovoïde (Eleocharis ovata)
- Gaillet faible (Galium debile)
- Jonc nain (Juncus pygmaeus)
- Piment royal (Myrica gale)
- Grassette du Portugal (Pinguicula lusitanica)
- Potamot à feuilles perfoliées (Potamogeton perfoliatus)