Constitués par le comité de pilotage, les groupes de travail ont un rôle d'élaboration technique et scientifique, au plus près du terrain. Ce sont des instances de réflexion qui n'ont pas de pouvoir décisionnel.
Les groupes de travail soumettent des propositions au comité de pilotage qui est la seule instance habilitée à valider les propositions. Sur le site Natura 2000 des étangs du canal d'Ille-et-Rance, différents groupes de travail ont été institués (voir comptes rendus ci-contre).