Du fait de la révision du périmètre Natura 2000, il existe à ce jour une cartographie des habitats naturels uniquement sur l’ancien périmètre du site. La typologie phytosociologique des boisements a été réalisée en 2023 dans le cadre d'un stage. Cela permettra par la suite de cartographier les habitats d'intérêt communautaire dans les milieux boisés, ce qui correspond à 60% de la surface du site Natura 2000. La réalisation d’une cartographie de végatation sur le reste du site est en cours de réflexion.
Quinze habitats d’intérêts communautaires ont été identifiés sur le territoire concerné. Parmi ces quinze habitats, trois sont dits prioritaires (notés *) :
- 3110-1 - Eaux stagnantes à végétation vivace oligotrophique des Littorelletea uniflorae
- 3130-3 - Communautés annuelles mésotrophiques à eutrophiques, de bas-niveau topographique, des Isoeto- Juncetea
- 3130-4 - Communautés annuelles oligotrophiques à mésotrophiques, de bas-niveau topographique, des Isoeto-Juncetea
- 3140-2 - Communautés à characées des eaux oligomésotrophes faiblement acides à faiblement alcalines
- 4020*-1 - Landes humides atlantiques tempérées à Bruyère ciliée et Bruyère à quatre angles
- 6410-6 - Prés humides et bas-marais acidiphiles atlantiques
- 6410-12 - Prés humides et bas-marais acidiphiles atlantiques
- 6430-1 - Mégaphorbiaies mésotrophes collinéennes
- 6430-4 Mégaphorbiaies eutrophes des eaux douces
- 7110*-1 - Végétation des tourbières hautes actives
- 7120-1 - Végétation dégradée des tourbières hautes actives, susceptible de restauration
- 7140-1 - Tourbières de transition et tremblants
- 9130 - Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum
- 9120-2 - Hêtraies-chênaies à Houx
- 9180*-2 Frênaies de ravins hyperatlantiques à Scolopendre
Les landes humides, dominées par des chaméphytes (Bruyères, callune) et des nanophanérophytes (ajoncs), se caractérisent par la présence simultanée de la Bruyère à quatre angles, définissant leur caractère humide, et de la bruyère ciliée, définissant leur caractère océanique tempéré. Cet habitat est présent sur le secteur de la forêt de Tanouarn (étangs de basse-forêt et marais de la rigole de Tanouarn) et en bordure de l’étang de Rolin.
La végétation des tourbières hautes actives est présente sur de faibles surfaces en mosaïque avec les tremblants en bordure de nombreux étangs : étang de Rolin, étang aux moines, queue d’étang de Bazouges, de Planche-Roger (étang du Boulet) et dans les boisements de bord d’étang du Boulet (bois de Beauséjour, forêt de Bourgouët).
Enfin, les frênaies de ravins hyperatlantiques à Scolopendre s’installent sur des ravins très encaissés et versants abruptes exposés au nord ou à l’ouest. Les sols instables sont riches en éléments minéraux et frais, la station étant le plus souvent caractérisé par une humidité atmosphérique, un climat frais et un ensoleillement réduit. Habitat présent sur le secteur de la vallée des moulins (communes de Hédé-Saint-Symphorien).